A Agência para o Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim (ALM) foi criada pelo Decreto n° 1.148 de 26 de maio de 1994. Tal decreto transferiu a administração das estruturas de engenharia e do acervo técnico-científico e patrimonial do Departamento da Lagoa Mirim da extinta Superintendência do Desenvolvimento da Região Sul (SUDESUL) para a Universidade Federal de Pelotas (UFPel). Entre as estruturas administradas pela ALM / UFPel estão o complexo Barragem e Eclusa do Canal São Gonçalo e o Distrito de Irrigação da Barragem do Arroio Chasqueiro (DIBAC).
A atuação da ALM se insere nos marcos da Comissão Mista Brasileira-Uruguaia para o Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim, a CLM, criada em 1963, e do Tratado de Cooperação da Lagoa Mirim de 1977. Dessa forma, a ALM atua, juntamente com o Uruguai, na gestão dos recursos naturais e hídricos da Bacia Hidrográfica Mirim-São Gonçalo (BHMSG), comuns ao território de ambos os países.
Pelo Decreto nº 4.258, de 2002, que ratifica a condição da ALM como instituição de apoio administrativo, técnico e financeiro, de forma complementar ao Ministério do Desenvolvimento Regional, esta, passa a ser Sede Executiva da Seção Brasileira da CLM (Art. 3º, § 2º), devendo sediar suas reuniões.
O Regimento Interno da ALM foi aprovado com base na Resolução n° 11, de 07 de agosto de 2019, do Conselho Universitário da Universidade federal de Pelotas.
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